多くの場合、鉱物中の遷移金属元素の種類によって決まります。
たとえば、
コランダムという無色の鉱物があります。
このコランダムにクロムが入ると赤いルビーになり、チタンと鉄が含まれると青、つまり
サファイアになるのです。
ピンクサファイアという宝石がありますが、鉱物名はピンクコランダムといい、宝石名と鉱物名は異なります。
含まれるもので色が決まっているかといえばそうではありません。入るものが同じでも元の鉱物が異なれば色も違います。
たとえばクロムですが、コランダムに入れば赤いルビーになりますが、ひすい輝石に入ると、緑色のひすいになります。